Základem vyšetření je krevní odběr, který se obvykle provádí 2.–4. den menstruačního cyklu. Toto načasování je důležité, protože v tomto období lze nejpřesněji stanovit hladiny pohlavních hormonů a některých hormonů hypofýzy (estrogen, progesteron, androgeny, FSH, LH, prolaktin). Tyto hodnoty se během cyklu výrazně mění.
Ze stejného odběru se často vyšetřují také hormony štítné žlázy, vitamin D, hladina AMH a imunologické parametry (protilátky důležité pro reprodukci). U těchto ukazatelů už ale načasování odběru na menstruační cyklus nehraje zásadní roli.
AMH (antimülleriánský hormon) má u endometriózy velký význam – ukazuje tzv. ovariální rezervu, tedy zásobu nezralých vajíček ve vaječnících. Jeho hladina přirozeně s věkem klesá asi o 5 % ročně. V některých případech ale může dojít k rychlejšímu poklesu – například při endometriální cystě na vaječníku nebo po operaci vaječníku. Studie ukazují, že po operaci na jednom vaječníku může hladina AMH klesnout až o 39 %, a po zákroku na obou vaječnících dokonce o 57 %.
Stanovení hladiny AMH je proto velmi důležité. Poskytuje informaci o stavu vaječníků a pomáhá lékařům správně načasovat případnou operaci u pacientek, které se snaží otěhotnět.